Окрашивание кости выполняется для насыщения натурального цвета кости различными оттенками, с целью подчеркнуть рисунок, оттенить рельеф, или создать неповторимое изделие. Например, в Холмогорах был наиболее древний промысел. Окраска кости в древности, в основном осуществлялась с помощью натуральных компонентов. Также для тонировки изделия использовались химические вещества. Природные красители: черника, черемуха, луковая шелуха, чай. Пластины из кости опускали в насыщенный отвар. В Холмогорах часто окрашивали шкатулки. Холмогорская шкатулка состояла из чередования белых и окрашенных кусочков. Старинные холмогорские изделия, как правило, окрашивались в коричневые или зеленые цвета.  Коричневые цвета получали с использованием чая, луковой шелухи, и природных растений. Зеленовато-голубоватый цвет получали с помощью медного купороса. Медный купорос производился со времен царской России. Выше перечислены классические способы окрашивания.

В современное время, и во времена создания Хотьковской фабрики, т.к она возникла в 1956 году. В более современных производствах мастера уже не окрашивали изделия медным купоросом, и перешли на водную морилку. Ее следует разбавлять в различных пропорциях. Это зависит от необходимой насыщенности цвета, которым требуется окрасить изделие. В этот раствор помещают простую животную кость. Кость, как правило, необходимо опускать в холодный раствор, и оставлять на несколько дней. Для более насыщенного окрашивания необходимо увеличивать время нахождения изделия в растворе. Чем дольше кость контактирует с красящими веществами, тем глубже пигмент впитывается в кость. Таким способом можно окрашивать только простую животную кость. Тонировать кость можно также горячим способом.

Для этого необходимо кипятить заранее подготовленный раствор в кастрюльке. И также в горячий раствор помещать изделие. Это более быстрый способ окрашивания. Таким способ окрашивается самый верхний слой кости.

Тонирование кости осуществляется перед этапом полировки. При полировке изделия окрашенного горячим способом верхний слой изделия снимается, и получается красивый эффект, когда тонировка остается в рельефных углубления. Тем самым изделие становится выразительным, и подчеркивается его объемность. Мамонтовую кость нельзя опускать в воду, нельзя кипятить, поэтому изделия из бивня мамонта окрашиваются быстрым способом, с помощью кисти и морилки. Кисть нужно проводить по углублениям, которые необходимо окрасить, и высушивать быстро тряпочкой. Можно развести морилку в воде, в необходимых пропорциях, поместить в него изделие, быстро вынуть и просушить тряпочкой. В использовании такого способа окрашивания мамонтовой кости есть минус, т.к на бивне мамонта часто бывают невидимые трещины, пигмент краски попадает в глубину, и делает эти трещинки видимыми, это нежелательно. Поэтому лучше всего подчеркивать рельеф и рисунок изделия с помощью кисти по нужным местам. Бивень мамонта следует тонировать после полировки.